La metodología que se utiliza en los IRFAs, está basado en el sistema ECCA, originario de Islas Canarias, que se fundamenta en el uso de tres elementos básicos: material escrito o guía del estudiante, la clase radial y la orientación o clase presencial una vez por semana. Debido a diferentes variables en cada país, como contexto, población atendida, oferta educativa y de servicios, el funcionamiento de cada IRFA y otras, cada institución ha desarrollado una metodología con algunas particularidades.